流程如下：新型农村合作医疗的参保者出院之后将住院发票、费用清单、出院记录和身份证交到本乡镇合管所，经过审核之后，乡镇合管所会将符合条件的申请送到市农保业务管理中心，报销医疗费用将会转入参保人指定账户中。
《社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。 社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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