对司法鉴定有疑议的处理办法是：
一、坚持申请重新鉴定。
二、向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定结论的目的。
三、主动搜集其他证据推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证据。
依据为最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第27条规定“当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应当准许：
(一)鉴定机构或鉴定人员不具备相关的鉴定资格的;
(二)鉴定程序严重违法的;
(三)鉴定结论明显依据不足的;
(四)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形”内容，以及第28条规定“一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳，并申请重新鉴定的，人民法院应予准许”等内容。
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