申请亲子鉴定遭拒的，可以认定父子关系。在一方拒绝做亲子鉴定的案件中，提出亲子鉴定主张的一方应当承担与其主张相适应的证明责任。只有在申请人完成了行为意义上的举证责任，足以使法官产生内心确信的基础上，才能够进一步请求进行亲子鉴定。
法律依据:
《司法鉴定程序通则》第二条
司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。司法鉴定程序是指司法鉴定机构和司法鉴定人进行司法鉴定活动的方式、步骤以及相关规则的总称。
《司法鉴定程序通则》第四条
司法鉴定机构和司法鉴定人进行司法鉴定活动，应当遵守法律、法规、规章，遵守职业道德和执业纪律，尊重科学，遵守技术操作规范。
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