农产品收购运输由农业部门负责农产品生产、收购、贮藏、运输四个环节的监管；农产品进入流通环节后的监管由食药监部门负责。由此可以得出，农产品是由农业部和食药监管部门进行监管理。
《中华人民共和国农业法》第二十七条国家逐步建立统一、开放、竞争、有序的农产品市场体系，制定农产品批发市场发展规划。对农村集体经济组织和农民专业合作经济组织建立农产品批发市场和农产品集贸市场，国家给予扶持。县级以上人民政府工商行政管理部门和其他有关部门按照各自的职责，依法管理农产品批发市场，规范交易秩序，防止地方保护与不正当竞争。
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