特别约定批单有法律效力。特别约定是合法的。投保人可以和保险公司就合同的效力约定附加条件，只要以书面的形式在保单上写明即可。因此，在保单上进行特别约定是合规的，也是受法律保护的。
《中华人民共和国保险法》第十三条投保人可以和保险公司就合同的效力约定附加条件，只要以书面的形式在保单上写明即可。
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
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