合同是总公司签付款由分公司付的操作是合理的。分公司是与总公司或本公司相对应的一个概念。分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
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