购房时合同约定面积与产权登记面积不一样的处理方式是合同有约定的按约定处理，合同未作约定，按以下原则处理：面积误差比绝对值在3%以内(含3%)的，据实结算房价款;面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人退房的，房地产开发企业应当在买受人提出退房之日起30日内将买受人已付房价款退还给买受人，同时支付已付房价款利息。
根据《商品房销售管理办法》规定，按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。
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