可转移公司债和可交换公司债的区别在于发行主体不同、所换股份的来源不同、对标的公司总股本和盈利指标的影响不同。可交换公司债属于上市公司的股东，而可转移公司债是上市公司本身。
可交换公司债是发行人所持有的该上市公司的股份，而可转移公司债是发行人未来发行的新股。如果是可交换公司债券的持有人，申请换股的，必须通过托管证券公司发出换股的指令。
《上市公司股东发行可交换公司债券试行规定》第八条，可交换公司债券持有人申请换股的，应当通过其托管证券公司向证券交易所发出换股指令，指令视同为债券受托管理人与发行人认可的解除担保指令。
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