野生动物保护主管部门有县级以上地方人民政府林业、渔业主管部门以及国务院林业、渔业主管部门。相关法律规定，国务院林业草原、渔业主管部门分别主管全国陆生、水生野生动物保护工作。县级以上地方人民政府林业草原、渔业主管部门分别主管本行政区域内陆生、水生野生动物保护工作。
《中华人民共和国野生动物保护法》第七条国务院林业草原、渔业主管部门分别主管全国陆生、水生野生动物保护工作。县级以上地方人民政府林业草原、渔业主管部门分别主管本行政区域内陆生、水生野生动物保护工作。
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