违约金可以扣除。根据相关法律规定，在计算应纳税所得额时，罚金、罚款和被没收财物的损失不得扣除，但不包括纳税人按照经济合同规定支付的违约金（包括银行罚息）和诉讼费。
《企业所得税税前扣除办法》第十条纳税人的各种存货应以取得时的实际成本计价。纳税人外购存货的实际成本包括购货价格、购货费用和税金。计入存货成本的税金是指购买、自制或委托加工存货发生的消费税、关税、资源税和不能从销项税额中抵扣的增值税进项税额。纳税人自制存货的成本包括制造费用等间接费用。
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