运输合同纠纷的管辖原则如下：当事人因为运输合同发生纠纷，可由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖进行管辖。根据相关规定，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
《民事诉讼法》第二十八条
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
第三十一条
因船舶碰撞或者其他海事损害事故请求损害赔偿提起的诉讼，由碰撞发生地、碰撞船舶最先到达地、加害船舶被扣留地或者被告住所地人民法院管辖。
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