运输合同不可抗力损失的赔偿方式为造成损失的一方当事人对另一方当事人承担赔偿责任，但可以要求部分或全部免除责任，因为法律规定，一方当事人因为不可抗力出现违约行为而给另一方当事人造成损失的，根据不可抗力的影响，可以主张部分或者全部免除责任。
《中华人民共和国民法典》第五百九十条当事人一方因不可抗力不能履行合同的，根据不可抗力的影响，部分或者全部免除责任，但是法律另有规定的除外。因不可抗力不能履行合同的，应当及时通知对方，以减轻可能给对方造成的损失，并应当在合理期限内提供证明。
当事人迟延履行后发生不可抗力的，不免除其违约责任。
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