查补的税款和费款允许税前扣除。企业查补的资源税、消费税、增值税、关税和城市维护建设费、教育费附加等产品销售税金及附加，以及房产税、车船使用税、土地使用税、印花税等可在对应纳税年度中扣除，不得结转以后年度扣除。
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。
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