铁路运输合同纠纷案件管辖法院是运输始发地、目的地或者被告住所地的铁路运输法院。我国设有专门的铁路法院，涉及铁路运输、铁路安全、铁路财产的民事诉讼，由铁路运输法院管辖。
《民事诉讼法》第二十八条
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
第三十六条
两个以上人民法院都有管辖权的诉讼，原告可以向其中一个人民法院起诉；原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖。
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