核定税种网上办理的流程是纳税人先到税务局领取法人一证通数字证书；在系统上填写公司的基本信息；去银行开户，并签订扣税协议。并持扣税协议找税务专管员办理网上扣税，办理后核定缴纳何种税种，然后会给公司一个用户名和密码；购买发票；纳税申报。
《中华人民共和国税收征收管理法》第八条纳税人、扣缴义务人有权向税务机关了解国家税收法律、行政法规的规定以及与纳税程序有关的情况。
纳税人、扣缴义务人有权要求税务机关为纳税人、扣缴义务人的情况保密。税务机关应当依法为纳税人、扣缴义务人的情况保密。
纳税人依法享有申请减税、免税、退税的权利。
纳税人、扣缴义务人对税务机关所作出的决定，享有陈述权、申辩权；依法享有申请行政复议、提起行政诉讼、请求国家赔偿等权利。
纳税人、扣缴义务人有权控告和检举税务机关、税务人员的违法违纪行为。
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