中小股份合作制企业改制中存在的问题如下：
1、政府机构改革和职能转变滞后。
2、相关的法规体系不完善。到目前为止，国家尚未制定统一的股份合作制法规。随着改革进程的加深，现有法规难以适应逐步出现的新情况和新问题，各地普遍认为股份合作制改革与发展缺乏统一的法律依据和规范引导。
3、政策不配套。
《中华人民共和国公司法》第十八条公司职工依照《中华人民共和国工会法》组织工会，开展工会活动，维护职工合法权益。公司应当为本公司工会提供必要的活动条件。公司工会代表职工就职工的劳动报酬、工作时间、福利、保险和劳动安全卫生等事项依法与公司签订集体合同。公司依照宪法和有关法律的规定通过职工代表大会或者其他形式，实行民主管理。公司研究决定改制以及经营方面的重大问题、制定重要的规章制度时，应当听取公司工会的意见，并通过职工代表大会或者其他形式听取职工的意见和建议。
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