总分公司均独立核算的可以互相开票。法律规定，总公司具有法人资格，分公司不具有法人资格，但能够以自己的名义从事民事活动，独立核算的总分公司可以互相开票。
《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《市场主体登记管理条例》第二十三条
市场主体设立分支机构，应当向分支机构所在地的登记机关申请登记。
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