房产证逾期办理违约金的支付方式：
1、当事人对违约金的数额或计算方式有约定的，按照其约定的数额或计算方式计算出的数额支付违约金。
2、没有约定的，按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算，然后按计算出的违约金进行支付。
《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十四条由于出卖人的原因，买受人在下列期限届满未能取得不动产权属证书的，除当事人有特殊约定外，出卖人应当承担违约责任：
（一）商品房买卖合同约定的办理不动产登记的期限；
（二）商品房买卖合同的标的物为尚未建成房屋的，自房屋交付使用之日起90日；
（三）商品房买卖合同的标的物为已竣工房屋的，自合同订立之日起90日。
合同没有约定违约金或者损失数额难以确定的，可以按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。
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