船舶抵押合同变更签订流程可以由合同当事人协商变更。船舶抵押合同是船舶所有人为筹措资金而以船舶作为抵押品与贷款人之间签订的协议。船舶所有人在其所有的船舶上设定抵押权，以作为自己（或第三人）所负债务的履行担保，到期不履行债务时，贷款人作为抵押权人就可以就抵押船舶的价金优先受偿。
《中华人民共和国船舶登记条例》第三十八条船舶抵押合同变更时，抵押权人和抵押人应当持船舶所有权登记证书、船舶抵押权登记证书和船舶抵押合同变更的证明文件，到船籍港船舶登记机关办理变更登记。
对经审查符合本条例规定的，船籍港船舶登记机关应当在船舶所有权登记证书和船舶抵押权登记证书以及船舶登记簿上注明船舶抵押合同的变更事项。
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