停业整顿期间擅自经营应当给予行政处罚，行政处罚包括警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物。拒不执行的可以处以罚款、拘留或者吊销执照，同时可以申请人民法院强制执行，构成犯罪的向公安机关移送，提请公安部门给予处罚，同时依法追究刑事责任。
《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》第十二条价格违法经营者拒绝履行停业整顿处罚决定继续营业的，价格主管部门可以申请人民法院强制执行。停业整顿日期从法院强制执行生效之日起计算。
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