生产经营单位应当登记建档的是：重大危险源。法律规定，生产经营单位对重大危险源应当登记建档，按照国家有关规定将本单位重大危险源及有关安全措施、应急措施报应急管理部门备案。
《中华人民共和国安全生产法》第四十条生产经营单位对重大危险源应当登记建档，进行定期检测、评估、监控，并制定应急预案，告知从业人员和相关人员在紧急情况下应当采取的应急措施。生产经营单位应当按照国家有关规定将本单位重大危险源及有关安全措施、应急措施报有关地方人民政府应急管理部门和有关部门备案。有关地方人民政府应急管理部门和有关部门应当通过相关信息系统实现信息共享。
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