脂质A由β-1，6糖苷键相联的D-氨基葡萄糖双糖组成骨架，双糖骨架的游离羟基和氨基可携带多种长链脂肪酸和磷酸基团，有种属细菌的特异性。
不同种属细菌的脂质A骨架基本一致，其主要差别是脂肪酸的种类和磷酸基团的取代不尽相同，其中β-羟基豆蔻酸是肠道菌所共有的。
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