1999年，南联盟爆发科索沃战争，近40万阿尔巴尼亚族难民从科索沃涌入马其顿。
2001年春，马其顿西部的阿族人开始进行武装叛乱，马其顿爆发短暂的内战。后来双方于6月在欧盟官员的调停下达成停火协议，阿族同意放下武装，马其顿同意给予阿族人更多权力，之后马其顿国内民族关系有一定的改善。
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