生物污染综合防治是指采取综合的防治措施以防治有害微生物、寄生虫等病原体污染水、大气、土壤和食品。
主要的防治措施有：严格控制病原体等污染源；加强对病原体生物在环境中传布途径的监督调查；采取物理的化学的或生物的适当方法治理病源生物；注意工农业的合理布局；在生产过程中建立消毒、检查病原生物等的有效制度（如植物种子的消毒浸种和拌种，有机肥料的无害处理，食物生产中执行严格的卫生检查制度等）。
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