基因工程亚单位疫苗（Subunit vaccine）又称生物合成亚单位疫苗或重组亚单位疫苗，是指将保护性抗原基因在原核或真核细胞中表达，并以基因产物—蛋白质或多肽制成疫苗。
基因工程亚单位疫苗（Subunit vaccine）又称生物合成亚单位疫苗或重组亚单位疫苗，是指将保护性抗原基因在原核或真核细胞中表达，并以基因产物—蛋白质或多肽制成疫苗。
①安全性高；
②纯度高，稳定性好；
③产量高；
④用于病原体难于培养或有潜在致癌性，或有免疫病理作用的疫苗研究。
与传统亚单位疫苗相比，免疫效果较差。
增强其免疫原性的方法：
①调整基因组合使之表达成颗粒性结构
②是在体外加以聚团化，包入脂质体或胶囊微球
③加入有免疫增强作用的化合物作为佐剂（adjuvant）。
用于亚单位疫苗生产的表达系统主要有大肠埃希氏菌、枯草杆菌、酵母、昆虫细胞、哺乳类细胞、转基因植物、转基因动物。
比较成功的基因工程亚单位疫苗是乙型肝炎表面抗原疫苗。
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