是真菌界子囊菌的有性生殖器官。子囊菌类继其有性生殖而产生的囊状器官，通常在其中藏有8个子囊孢子。多数子囊呈圆柱状或棒状。子囊孢子常排成一列，但也有时形成椭圆形和球形的。
已知其中有以下五种类型：
（1）火丝菌型：先形成产囊丝钩再形成子囊：
（2）地盘菌型：由于产囊丝顶端细胞含一个核，因此，含有双核的其第二个细胞横着生出突起而形成子囊；
（3）Galacti-nia型：产囊丝细胞不进行钩形的形成，对核愈合而形成子囊；
（4）Rectasc-een型：不只是产囊丝细胞，而是一连串的细胞都发生核融合，并形成子囊，故而子囊连成串球状；
（5）虫囊菌属型：不形成产囊丝而通过产囊器的分裂所形成的细胞变成子囊。
（2）苔藓植物的孢子囊。在藓类，特别指蒴而言；在苔类，则主要指子囊。Marchantia的子囊为直径0.5—1.0毫米左右的小球，在短的孢子囊柄（seta）的顶端产生一个。整个由包膜、外被膜和内被膜三层包裹，仅子囊稍许外露。子囊壁起源于果托（amphythecium），由一层厚膜化了的细胞构成，其中产生起源于endothecium的孢子和弹丝。
（3）腔动物珊瑚虫类的生殖体之一种。在具有真正世代交替的种类中，从水螅型（polyp）进行无性的出芽生殖生出水母型，水母型游离出来以后，在游泳生活中生殖巢成熟，进行有性生殖，而浮浪幼虫固着后再形成水螅型。但从其向水母型发育而尚未脱离水螅型前，至仅仅是卵细胞或精细胞的集合体为止的这一期间，有不同程度的退化生殖体，这些合起来称为子囊。子囊有真水母样体、隐水母样体、异水母样体、棒状体四各类型。子囊为生殖体苞所包裹，卵或精子成熟时放到海水中，然后原地不动地进行受精，经浮浪幼虫而形成水螅型。子囊除生长在螅茎和螅根上外，也有时生长在口、触手等已退化的特殊的水螅型上，这种水螅型特称为芽茎。
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