矮眼子菜（学名：Potamogeton nanus）是眼子菜科眼子菜属植物，生长在中国大陆西部地区青海湖的眼子菜科眼子菜属的多年生沉水草本。
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沉水草本。根茎短或不明显。茎丛生，丝状，长4-6厘米，直径约0.5毫米，节间长0.5-1.5厘米。叶丝状，深绿色，长3-4厘米，宽约0.2毫米，横切面近三棱形，先端渐尖，基部与托叶贴生成鞘，鞘长1厘米，顶端具小舌片，长约4毫米，叶脉1条。穗状花序，具花4对，间断排列；苞片膜质，长1-1.5毫米，宽1.5-2.5毫米，边缘浅裂；花被片圆形，花丝不等长，基部合生。果扁，斜倒卵形。
生长于碱性水质中。
分布于青海（青海湖）。
茎的皮层中微具少数散生机械束；维管束中木质管道不明显。
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