分子内重组核酸变异的一种重要的形式。指的是两种不同、通常密切相关的病毒的核苷酸片段的交换。
分子内重组：是俩种不同、通常密切相关的病毒的核苷酸片段的交换，DNA病毒可发生此种现象，RNA病毒更为普遍。
西部马脑炎病毒（WEEV）就是早期的类仙台病毒与东部马脑炎病毒（EEEV）分子内重组的产物。在实验条件下，甚至不同科的病毒也可分子内重组，如属于多瘤病毒科的SV40与腺病毒重组，SV40的DNA具有腺病毒的衣壳。由于恒河猴肾细胞往往持续感染SV40，再感染腺病毒时，则会提供上述重组的机会。
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病毒重组一般通过分子内重组、拷贝选择和基因重配三种机制完成。分子内重组需要核酸分子的断裂及其它核酸分子的再连接，拷贝选择不涉及核酸分子的共价键断裂，基因重配则是具分段基因组病毒之间核酸片段交换，基因组各片段在子代病毒中随机分配。病毒重组机制不同，其重组频率有很大差别，且RNA分段基因组病毒同型不同株病毒间的重组经重组重配机制进行，其重组率可高达50%.通过病毒重组，可构建表达特定外源基因的重组病毒，可使灭活病毒经交叉感染或复感染得以复活，这在病毒的研究和利用上都具有重要意义。
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