主要侵害下部叶鞘和茎秆，初在近水面叶鞘上产生褐色小斑，后扩展为黑色纵向坏死线及黑色大斑，上生稀薄浅灰色霉层，病鞘内常有菌丝块。小黑菌核病不形成菌丝块，黑线也较浅，病斑继续扩展使茎基成段变黑软腐，病部呈灰白色或红褐色而腐烂。剥检茎秆，腔内充满灰白色菌丝和黑褐色小菌核。
Helminthosporium sigmoideum称稻卷芒双曲孢霉，属半知菌亚门真菌，是小球菌核病菌的变种。分生孢子梗在病组织或浮于水面菌核上形成，单生或数枝簇生，分生孢子纺锤形，弯或呈“S”形，顶细胞上生卷须状长丝。后期病部可形成深橄榄色菌核。
以菌核在稻桩、稻草中越冬，尤其稻桩内数量最多。在适宜的温、湿度条件下，菌核萌发产生菌丝，直接从叶鞘表面或伤口侵入，在叶鞘组织内蔓延扩展，引发病害。在分蘖期开始发生，孕穗以后病情逐渐加重，抽穗至乳熟期发展最快，受害也最严重。
种植抗病品种，冬季结合治螟挖毁稻桩，可以减少田间越冬菌核。春耕插秧前宜结合防治纹枯病捞除菌核，加强肥水管理。
在水稻圆秆拔节期和孕穗期菌核秆腐病初发期，可选用下列药剂防治：
50%多菌灵可湿性粉剂75g/亩；
5%井冈霉素水剂100ml/亩；
50%异稻瘟净乳油100ml/亩；
40%稻瘟灵乳油1 000倍液；
70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1 000倍液；
50%腐霉利可湿性粉剂1 500倍液；
50%乙烯菌核利可湿性粉剂1 000～1 500倍液；
50%异菌脲或40%菌核净可湿性粉剂1 000倍液；
20%甲基立枯磷乳油1 200倍液，每亩用稀释后的药液50～60kg全田茎叶喷施。
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