固是微生物群落

土壤是微生物的大本营，土壤中有习居菌，尤其在植物根部，不同的植物根部由于其含水、通气及营养成分的不同，会有特定的微生物群落。包括水流、气体、食材及其制品等，包括各种小环境，都有自己的固有微生物群落。

各种小环境，都有自己的固有微生物群落。

皮肤微生物

皮肤微生物主要归于放线菌门、硬壁菌门、拟杆菌门和变形菌门。然而放线菌门、硬壁菌门、拟杆菌门和变形菌门细菌的相对丰度与口腔和肠道中有着较大的差别，放线菌门在皮肤微生物中的相对丰度极高，而硬壁菌门和拟杆菌门则在肠道内的数量较高。皮肤微生物与肠道菌群有着共同特征，即在门的水平下多样性偏低，而在种的水平却呈现出极高的多样性。Grice等对人体手臂表皮的微生物群落做了16S rRNA基因测序，鉴别出113 OTUs（operational taxonomic units，运算分类单位），依据97%的相似性归为6 个细菌主要门类，变形菌门为优势菌群，并发现小鼠皮肤的菌群结构与人皮肤的菌群结构极为相似。

水稻微生物

杂交水稻（Oryza sativa L.）可分离细菌中变形杆菌为其优势种群，假单胞菌和成团泛菌都是较优势的种群。

土壤微生物

土壤微生物本身不仅是土壤养分的“源”和“库”，支撑着土壤肥力；同时它也是土壤生态系统中极其重要和最为活跃的部分，是地上生态系统和地下生态系统的联系纽带和桥梁：棕壤固有细菌群落中，最大菌群属于变形菌门，其次是酸杆菌门，第三是厚壁菌门，第四是芽孢菌门,其中变形菌门以αα-变形菌纲为主,β-变形菌纲第二；固有真菌群落中，最大菌群属于子囊菌门和接合菌门,其次为壶菌门与担子菌门。