核酸类酶是一类具有催化活性的RNA分子，通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂，特异性地剪切底物RNA分子，从而阻断靶基因的表达。作用底物可以是不同的分子, 有些作用底物就是同一RNA分子中的某些部位。功能很多,有的能够切割RNA, 有的能够切割DNA, 有些还有RNA连接酶、磷酸酶等活性。与蛋白质酶相比，催化效率较低，是一种较为原始的催化酶。
能专一性地识别并水解双链DNA上的特异核苷酸顺序，称为限制性核酸内切酶，简称限制酶)。当外源DNA侵入细菌后，限制性内切酶可将其水解切成片段，从而限制了外源DNA在细菌细胞内的表达，而细菌本身的DNA由于在该特异核苷酸顺序处被甲基化酶修饰，不被水解，从而得到保护。限制性核酸内切酶可被分成三种类型。
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