合轴分枝是指主干的顶芽在生长发育一段时间后生长停滞或死亡，或顶芽变为花芽，由其下方腋芽发育形成粗壮的侧枝，生长一段时间后生长优势又转向下一级侧枝，如此反复形成一个之字形弯曲的主轴。其树冠呈开展状，扩大了光合作用的面积，是先进的分枝方式。大多数被子植物是这种分枝方式，如苹果、桃、番茄、桑等。
有些植物，如茶树和一些树木，在幼年时为单轴分枝，成年时又出现合轴分枝。棉花植株上也有单轴分枝方式的营养枝（只长叶和芽而无花）和合轴分枝方式的果枝。
大多被子植物，如马铃薯、番茄、苹果、梨、桃、杏、核桃、桑和柳等有这种分支方式。
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