水稻菌核病包括稻小球菌核病、稻小黑菌核病、稻球状菌核病、稻灰色菌核病、稻褐色菌核病、稻褐色小粒菌核病、稻黑粒菌核病、稻赤色菌核病，病原依次为稻小球菌核病菌、稻小黑菌核病菌、稻球状菌核病菌、稻灰色菌核病菌、稻褐色菌核病菌、稻褐色小粒菌核病菌、稻黑粒菌核病菌、稻赤色菌核病菌。危害比较重的主要是稻小球菌核病和稻小黑菌核病。该病主要为害水稻的叶鞘、茎秆和叶片。后期病叶鞘和茎秆内有无数黑色、圆形、有光泽的小颗粒（菌核）；重病株萎蔫倒伏，叶片青枯，不能抽穗或穗子发白不能结实。
水稻菌核病主要分布在长江中下游和华南稻区，北方稻区如辽宁、吉林省也偶有发生。自20世纪70年代以来，为沿江南北水稻后期的重要病害，单、双季晚稻发生普遍。每年7-8月开始发生，9月下旬到10月稻株被害显著。受害重的田块一般减产10-30%，多达50-60%。
对水稻菌核病的防治应以农业防治措施为主，着重于清除菌源，种植抗病品种，改进肥水管理技术；药剂防治只须结合治虫，适当施用。
稻小球菌核病菌（Helminthosporium sigmoideum Cav.），其有性世代为小球腔菌属的（Leptosphaeria salvinii Catt.），不过在中国尚未发现。在叶鞘的病斑上或在浮出水面的菌核上长出稀疏不分枝、深褐色的分生孢子梗，其上产生新月形的分生孢子，大小为（41-63）微米×（11-15）微米，有0-4个隔膜，普通为3隔4胞，中央两细胞暗褐色，两端细胞淡色或无色。菌核球形，表面光滑，黑色有光泽，大小约1/4毫米，剖视菌核，有内外两层，外层细胞黑褐色，内部淡褐色。菌核在土中或水中能存活238天以上，在干燥的稻柱中可存活750天以上，在日光下晒133小时才丧失活力。
稻小黑菌核病菌（Helmirdhosporium sigmoideum var. irregulare Crall. et Tullis）是稻小球菌核病菌的一个变种，其有性世代尚未发现。分生孢子有2种形态：在叶鞘病斑上形成的和稻小球菌核病菌相似；而从菌核上形成的大多有4个隔膜， 其顶端有25-100微米×2微米的卷须。菌核较小，约1/7毫米，球形、椭圆形或不规则形，表面粗糙，黑色无光泽。剖视菌核，无内外层之别，均为深榄褐色。
稻褐色菌核病菌（Sclerotium oryzae-sativae Saw.），菌核在茎秆、叶鞘的空隙内、叶鞘组织内或偶在叶鞘外形成，数量较少，球形、卵圆形或圆柱形，可相互连结，先是白色，渐变深褐色，大小0.3-2毫米，表面粗糙，剖视内部，切面为淡褐色，无内外层之分。
稻球状菌核病菌（Sclerotium hydrophilum Saw.），菌核褐色或黑色，球状，比小球菌核病的菌核大。稻灰色菌核病菌（Sclerotium fumiatum Nakata ex Hara），菌核球形或椭圆形，下面扁平。稻黑粒菌核病菌（Helicoceras oryzae Linder et Tullis），菌核黑色，鼠粪状。稻赤色菌核病菌（Rhizoctonia oryzae Ryk. et Gooch），菌核为短圆柱形、扁圆形或椭圆形。稻褐色小粒菌核病菌（Sclerotium orizicola Nakata et Kawam.），为深红至褐色球状菌核。
稻褐色菌核病侵害稻的叶鞘和茎，在叶鞘上形成（0.3-0.7）厘米×（0.5-1.5）厘米椭圆形病斑。病斑中心灰褐色，边缘褐色，分界明显，常互相连接成云纹状大斑。近水面处的病斑，由于浸水，呈暗绿色，边缘模糊。茎部受害变褐枯死，但一般不倒伏。后期在叶鞘组织内或茎秆腔内形成小的褐色菌核。
稻球状菌核病，使叶鞘变黄枯死，一般不形成明显的病斑。在孕穗期发病时，因幼穗被病鞘紧裹，以致不能抽出，茎秆也可受害。菌核小，黑色，球状，主要在叶鞘组织内形成。
稻灰色菌核病，为害叶鞘，形成淡红褐色小斑，抽穗后21天也可在剑叶鞘上看到长的病斑，一般不引起水稻倒伏。在病斑的表面及内侧形成灰褐色小粒状菌核。其他几种水稻菌核病的症状与之相似。
水稻菌核病是以菌核在稻桩、稻草中越冬，在干燥的稻桩中菌核可存活2年以上，埋入稻田土内或沉在水下也能存活7-8个月以上。稻桩组织中菌核数量最多，是下季或第二年水稻发病的主要初次侵染菌源。
稻田翻耕灌水时，菌核随病组织落入土中，漂浮水面，插秧后即附着于稻株近水面的叶鞘上。温湿度适宜时，菌核萌发产生菌丝，直接从叶鞘表面或伤口侵入，在稻株组织内向上下和深层蔓延扩展，可直达茎秆髓部，引起发病。菌丝还能侵害表土下的叶鞘、茎基和根部。病害潜伏期的长短，主要受温度影响，旧平均气温在17.4-20.2℃时为12天，23.4℃时为7天。病害在田间传播蔓延，主要是靠菌核和稻株病部表面不断产生的分生孢子，随风、雨、流水和飞虱、叶蝉等害虫活动而四处扩散侵害健株；病部的菌丝或菌丝块，也能与邻近健株接触而侵染。晚稻收获期间，病害随之停止发展，在病叶鞘、病茎秆或残留稻桩内产生大量菌核越冬。
水稻菌核病的发生和流行程度，受到多种因素影响，其中以灌水、施肥、降雨与病害发展关系最密切。
水稻生长前期、中期深灌，后期断水过早，或长期深灌、排水不良的烂泥田，或土壤干燥时间太长的稻田，发病往往较重。这是因为田水深，容易使土中菌核在农事操作和水浪冲击下漂浮水面，扩散开来，有利于病菌萌发侵害稻株基部叶鞘。又由于长期积水，土壤通气性差，抑制了水稻根系发育，稻秆组织软弱，抗病力降低，易受病菌侵袭。水稻孕穗和灌浆期，如缺水过早或遭受千早、田土干裂，也因根系伤害，减少了稻株水分养料吸收供应，生机衰弱，易于发病。浅水勤灌，适时烤田，保持土壤湿润，会促进稻株健壮生长，并使菌核下沉土面，减轻病害发生。
氮肥施用过多、过迟，磷、钾肥缺少，常常加重病势。因为氮素过多，扰乱了水稻正常发育；钾素不足，稻株纤维素减少，更使茎秆、叶鞘组织生长软弱，所以容易发病。同时，茎叶徒长，植株密蔽，田间湿度大，有利于病菌繁殖侵染蔓延。此外，氮肥过多，往往促使根系早衰，水稻生长后期常发生根腐现象，植株生活力降低，病害加重。
病菌生长发育要求的温度范围较大，从11-35℃都可以发病，但以25-30℃最为适宜。7-9月份，早稻成熟期和晚稻生长期间，气温高，有利病菌繁殖。如雨日多、降雨量大，温度在90%以上，则病害严童。晚稻抽穗以后，如遇阴雨寒潮，稻株抗病力减弱，一旦转晴，即会出现枯株或枯丛，3-5天后随即暴发成灾。台风引起水稻倒伏，也会加剧病害。
菌源多的田块，病害也重。春季稻桩带菌率可高达80%。老病田菌核多，发病重，新垦田或旱改水田菌源少发病轻。水稻品种间抗病力也有差异，同一品种不同生育期感病程度也不等，一般抽穗后，尤其是灌浆后，稻株衰老，抗病力最差，一遇缺水干早或低温阴雨，都会加剧病情发展。单季晚稻发病最重，双季晚稻次之，早稻一般较轻。稻飞虱、稻叶蝉危害重，造成稻株伤口多，也会诱发病害。
水稻菌核病盛发危害时期，多集中在水稻灌浆期前后，田间检查病情时间应适当提早，以便及时掌握病情发展动动态。一般可在分蘖末期、圆秆拔节期、孕穗期、始穗期和齐穗期各检查一次。检查重点应选择比较容易感病品种和施肥数量多、稻株生长嫩绿、长期灌深水的田块;对早稻发病比较普遍的双季晚稻田也须着重查看。根据病情发展，及时指导调节肥水管理和喷药防治。
对水稻菌核病的防治应以农业防治措施为主，着重于清除菌源，种植抗病品种，改进肥水管理技术；药剂防治只须结合治虫，适当施用。具体措施如下：
①70%甲基托布津可湿性粉剂，每亩用75克药粉加水100千克喷雾；
②5%乙基托布津可湿性粉剂，每亩用100克药粉加水100千克喷雾；
③50%多菌灵可湿性粉剂，每亩用100克药粉加水100千克喷雾；
④50%异稻瘟净乳剂或40%稻瘟净乳剂，每亩用药液150克加水90-100千克喷雾。
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