种子休眠是指在预定的时间范围内本该有生命活力体征的种子，在预计正常、利于种子萌发的一些环境因子的组合条件下，不能按期正常萌发的一种生物现象。
休眠是植物的一种生存策略，不仅为种子的传播扩散争取了时间，还能促使种子在最理想的环境条件下萌发。比如许多在夏季或秋季产生的种子，如果它们在冬季来临之前就已经发芽，那么很可能会被冻死，所以这种能保证种子在春季萌发的机制还是很有必要的。种子休眠具有重要的生态学意义，能有效地调节种子萌发的时空分布。
种子休眠的内在生理因素主要有：种皮机械压迫，对水、气的不透性，或有抑制性物质；胚本身未发育成熟，缺少必需的激素或含有代谢抑制物质；胚乳的合成、积累、转化尚未完成等。
生理休眠的种子直到胚内的化学物质发生变化时才会萌发。
有时，种子内部如脱落酸之类的化学抑制剂会抑制胚生长，使其不足以突破种皮完成萌发。有些种子对冷和热敏感，属于热休眠；其他种子则表现出光休眠或具光敏性。
形态休眠见于传播期间胚还未发育成熟的种子。
形态休眠的种子直到胚胎发育完全后才会开始萌发，这导致了种子萌发的延迟。有时候种子休眠还会进一步受到环境中水分和温度的影响。
当种子不透水或者不能进行气体交换时就会发生物理休眠。蝶形花科植物是物理休眠的典型实例，它们的种子含水量很低，而且种皮阻止了水分的渗透。
香豌豆（Lathyrus odoratus）的萌发实验表明切开或剥去种皮能使物理休眠的种子恢复吸收水分的能力。
机械休眠是由于种子的种皮或其他遮盖物太过坚硬，以至于胚胎萌发时无法突破其束缚。
化学休眠则由胚外保护结构中的生长调节剂和其他化学物质调控。这些化学物质可以被雨水或融化的雪水洗掉。
解除种子休眠的方法上要有：物理作用去除种皮的“硬实”性，减少种皮对发芽的障碍，提高发芽率；低温层积加快种子后熟，促进种子发芽;化学物质和激素刺激种子发芽；清水漂洗和光照处理解除休眠等。
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