蒙城县疾病预防控制中心组建于2006年7月，是政府举办的疾病预防控制和公共卫生技术管理与服务的公益性副科级全额事业单位。其主要职能是，在省、市疾病预防控制中心的指导下，承担辖区内疾病预防控制及公共卫生技术管理与服务工作。疾控中心现有职工57人，其中卫生专业技术人员47人。内设办公室、行政后勤、免疫预防、综合卫生、检验、健教信息、传染病防治、艾滋病防治、结核病防治、慢性非传染病防治、地方病与寄生虫病防治、预防医学诊疗服务等12个科室。
蒙城县疾病预防控制中心组建于2006年7月，是政府举办的疾病预防控制和公共卫生技术管理与服务的公益性副科级全额事业单位。其主要职能是，在省、市疾病预防控制中心的指导下，承担辖区内疾病预防控制及公共卫生技术管理与服务工作。疾控中心现有职工57人，其中卫生专业技术人员47人。内设办公室、行政后勤、免疫预防、综合卫生、检验、健教信息、传染病防治、艾滋病防治、结核病防治、慢性非传染病防治、地方病与寄生虫病防治、预防医学诊疗服务等12个科室。
蒙城县疾病预防控制中心现设有10个专业所（科）室和1个职能科室。中心现有职工61名，汇聚了高级专业技术人员1人，中级21名，专业技术人员占80%。
年轻的县疾病预防控制中心在防病领域取得了显著成绩，全县传染病发病率连续下降，无重大疫情发生。特别是在全县防治非典型肺炎、禽流感等重大突发公共卫生事件应急处理工作中，经受住严峻的考验，为捍卫无疫区做出了突出贡献。全县计划免疫卡介苗、脊灰、百白破、麻疹“四苗”接种率由建县前的10.8%提高到95%以上。提前实现了蒙城县消灭脊髓灰质炎的目标，计划免疫相应传染病已降到历史最低水平。计划免疫工作成果继续巩固，全县继续保持无脊灰状态，为全县人民的健康、经济发展、社会进步做出了突出的贡献。
在县卫生局的领导下，在中心领导班子的带领下，经过全体职工的共同努力，精神文明和物质文明取得了双丰收。近几年来中心获得中央文明委授予的“全国文明单位”、“全国创建文明行业工作先进单位”、卫生部授予“全国卫生系统先进集体”、“全国卫生系统抗击非典先进集体”“全国计划免疫工作先进集体”、“全国消灭脊髓灰质炎工作先进集体”、“全国放射卫生先进集体”、“全国职业卫生先进集体”、“全国预防与控制艾滋病性病先进集体”、“全国卫生系统行业作风建设先进集体”等国家级荣誉10项，省委省政府授予“文明单位”、“防风抗洪抢险先进集体”、“先进基层党组织”、“蒙城县防治非典型肺炎先进单位”、“蒙城县思想政治工作优秀企业先进单位”等省级荣誉12项。
同时，科学研究及对外交流也取得了丰硕成果，促进了业务技术水平的提高和人才成长。中心先后与世界卫生组织、联合国儿童基金会、联合国计划开发署、全球基金及美国、加拿大等10多个国际组织和国家开展交流与合作。特别是与世界卫生组织合作的艾滋病、疟疾防治项目，与联合国儿童基金会合作的计划免疫、乙肝防治项目，与全球基金合作的结核病、疟疾控制项目，与加拿大国际发展研究中心合作的登革热控制项目等都取得积极成果，为我省重大疾病控制做出了贡献，促进我省的疾病控制和科研水平的提高。近年来获得26项卫生部及省、厅科技进步成果奖，其中省科技进步奖一等奖1项，二等奖1项，三等奖16项，四等奖3项，省卫生厅科技进步奖一等奖1项，卫生部科技进步奖（合作）二等奖3项，三等奖1项，部分成果已达到国内先进水平。
2020年12月，蒙城县疾病预防控制中心党支部被授予“安徽省抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。
中心现有13300平方米的工作房，装备了气质联用仪、生化自动测定仪等一批现代化实验设备。已拥有一批具有国内先进水平的实验室，其中省检验科HIV抗体确认实验室通过国家卫生部评审，成为我省唯一的艾滋病病毒确认的权威机构，填补了省内空白；脊髓灰质炎实验室多次通过世界卫生组织的考核验收，进入全国一流水平；卫生毒理实验室通过国家功能实验室的评审，是我省唯一的保键食品功能实验室，填补了我省的空白，为我省的经济建设做出了应有的贡献。中心可进行动物学实验、细胞、病毒学实验、分子生物学等200多个理化和100多个微生物项目的检测，达到省级疾控中心的等级标准。中心设置了具有80多个终端的电脑中心，建立了局域网，初步实现了办公信息化和计算机网络化管理。同时中心与国家有关部门联网，并覆盖到全省乡镇，初步实现了国家、省、蒙城县、乡镇四级卫生医疗单位疫情网络直报系统体系，并运行良好，突发公共卫生事件和疫情信息管理迈上了新台阶。
中心发挥预防医学基地的优势，先后接收带教吉林省北华大学、广西桂林医学院、医学院等相关专业实习大学生的带教实习任务，实现了中心跨省、跨地区实习带教及科研合作的新突破，标志着我省的预防医学科研工作迈上新台阶，进入了“教、学、研”一体化的新时期。中心在2001年创刊，由卫生部主管、中华预防医学会和省疾控中心联合主办的《中国热带医学》杂志，是我省唯一的一家国家级综合性热带医学杂志，杂志从季刊发展到月刊，不断发展壮大，创刊发行五年来博采众长，加强交流，杂志质量得到明显提高，受到卫生部、中华预防医学会及同行专家的好评和读者的欢迎，被列为中华预防医学会系列杂志核心期刊及优秀期刊。
中心将以科技为依托，以疾病控制为重点，以人为根本，以改革为动力，以发展为核心，为建设一个功能健全、装备精良、保障有力、反应迅速、技术过硬的疾病预防控制中心而努力奋斗。
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