三级清算是指证券中央登记结算机构同异地资金集中清算中心(异地清算代理机构)办理一级清算，再由各地资金集中清算中心(各地清算代理机构)同本地证券经营机构办理二级清算，最后由证券经营机构同其客户办理三级清算。
三级清算是指证券中央登记结算机构同异地资金集中清算中心(异地清算代理机构)办理一级清算，再由各地资金集中清算中心(各地清算代理机构)同本地证券经营机构办理二级清算，最后由证券经营机构同其客户办理三级清算。
三级清算程序
具体程序如下：
一、根据“上海证券中央登记结算公司异地资金集中清算实施办法”制定本地区“资金集中清算业务实施细则”，送交公司备案；
二、与本地券商签订“代理清算协议”，收取交易保证金；
三、联系一家银行办理资金汇划；
四、将“资金集中清算确认书”送交登记公司；
五、在确定日期开始动作；六、将交易保证金的50%汇划登记公司。
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