2006年2月，经国家教育部批准，重庆交通学院更名为重庆交通大学。
办学地点在重庆市南岸区学府大道66号（原南岸区七公里）。院系设置：
1、财经学院会计学；市场营销；经济学；国际经济与贸易；知识产权2、管理学院工程管理；工商管理；信息管理与信息系统；物流管理；工程造价3、航海学院轮机工程（轮机管理）；轮机工程（船舶动力装置设计与制造）；船舶与海洋工程；航海技术；船舶电子电气工程；4河海学院港口航道与海岸工程；人文地理与城乡规划；水利水电工程；环境科学；地质工程；地理信息科学；给排水科学与工程；5机电与汽车工程学院机械设计制造及其自动化（机械设计与制造）；机械设计制造及其自动化（工程机械）；工业设计；车辆工程（城市轨道交通车辆）；车辆工程（汽车工程）；电气工程及其自动化；机械电子工程；能源与动力工程；材料成型及控制工程；6交通运输学院交通运输；交通工程；交通管理；汽车服务工程；交通设备与控制工程；7理学院信息与计算科学；数学与应用数学；应用化学；应用统计学8、人文学院广播电视学；旅游管理；视觉传达设计；环境设计；产品设计；广告学；汉语国际教育；9土木建筑学院土木工程（隧道及地下工程）；土木工程（道路工程）；土木工程（桥梁工程）；土木工程（建筑工程）；土木工程（地铁及轨道工程）；土木工程（岩土工程）；土木工程（检测与维护技术）；建筑学；材料科学与工程；测绘工程；工程力学；理论与应用力学；材料物理；安全工程；风景园林；
10、外国语学院英语（涉外土木工程英语）；英语（涉外船舶与海洋工程英语）；英语（涉外机电商贸英语）；翻译；11、信息科学与工程学院计算机科学与技术（信息技术及应用）；计算机科学与技术（计算机软件开发）；电子信息工程；通信工程；物联网工程；12、国际学院电子信息工程（可再生能源系统智能控制工程—国际学院教改班）；物流管理（海事物流—国际学院教改班）；工程管理（国际学院教改班）；旅游管理（国际邮轮管理—国际学院教改班）；视觉传达设计（平面与时尚设计—国际学院教改班）；工业设计（工业产品设计与成型工程—国际学院教改班）；土木工程（中外合作项目）（本科）；机械设计制造及其自动化（中外合作项目）（本科）；航海技术（中外合作项目）（专科）；轮机工程技术（中外合作项目）（专科）；13、应用技术学院道路桥梁工程技术（高职专科）；艺术设计（高职专科）；工程造价
