有药学（英语强化班）、药学（日语强化班）、制药工程、环境科学、应用化学、药物化学、中药学（日语强化班）、生物工程、生物制药、临床药学、生物制药（生命基地班）、药事管理、生物医学工程、医疗产品管理、药学（理科基地班）专业。
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本科专业涵盖了十多种门类，如中药学、药剂学、生物工程、药理学、医药电子商务等等。沈阳药科大学校级重点学科（3个）：生物化工、应用化学、企业管理 。
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