高峰专线和高快巴士最初都是为疏导早晚高峰的乘客而设，线路长度都与普通线路相近，且都行经上下班高峰期的重点路段，部分线路仅在早高峰或晚高峰时段单向行驶。
区别在于高快巴士停站较少，部分早期开通的高快巴士甚至不设中途站，比如2010年开通的高快巴士1号。换句话说，高峰专线可以说是只在早晚高峰运行的干线巴士，高快巴士可以说是只在早晚高峰运行的快线巴士。另外部分高峰专线在开通后发现平峰时段也有客流需求，因而将服务时间延长至平峰时段，例如高峰专线30号的服务时间是06:00-20:00，甚至有高峰专线巴士直接改为普通线路的，比如高峰专线53号就改为了普通线路M499路。
