重庆交通大学的硕士点很多。
截止2016年7月，重庆交通大学拥有土木工程、水利工程、交通运输工程、管理科学与工程、力学、机械工程、材料科学与工程、计算机科学与技术、测绘科学与技术、马克思主义理论、地理学、工商管理、软件工程等13个一级学科硕士点；56个二级学科硕士点（包括2个一级学科不分设二级学科硕士点——管理科学与工程、软件工程和7个目录外二级学科硕士点——马克思主义新闻理论及实践研究、交通电气装备及控制、土木工程安全与环境、基础设施管养工程、空间数据应用及云计算、道路安全理论与技术、交通运输经济），涉及4个学科门类。
