学校始创于1905年，原名复旦公学，1917年定名为复旦大学，是中国人自主创办的第一所高等院校。
上海医科大学前身是1927年创办的国立第四中山大学医学院。
2000年，复旦大学与上海医科大学合并。
2021年，学校20个学科入选第二轮“双一流”建设学科，比首轮增加3个入选学科。截至2022年11月学校官网显示，学校共有邯郸、枫林、张江、江湾四个校区，占地总面积约243.72万平方米，校舍建筑面积242.53万平方米。有直属院（系）35个，附属医院18家（其中2家筹建）。设有本科专业80个，拥有一级学科博士学位授权点40个，一级学科硕士学位授权点43个（含一级学科博士学位授权点），博士专业学位授权点5个，硕士专业学位授权点30个，博士后科研流动站37个。在校普通本科生15164人，研究生34618人（含全日制和非全日制的大陆港澳台生），学历留学生2535人。在校教学科研人员3602人。中国科学院、中国工程院院士（含双聘）59人。
