一、两者的概述不同：
1、净额的概述：净额支付系统将在一定时点上收到的各金融机构的转账金额总数减去发出的转账金额总数，得出净余额。
2、期末余额的概述：会计账户的结构分为两个基本部分，一部分反映增加，另一部分反映减少。其中，登记的本期增加金额，称为本期增加发生额；登记的本期减少金额，称为本期减少发生额；增减相抵后的差额，称为余额。余额按照表示的时间不同，分为期初余额和期末余额。
二、两者的作用不同：
1、净额的作用：消除卖方已交付证券却未收到相应款项，或是买方已交付资金而未收到证券的本金风险。
2、期末余额的作用：反映余额的增加和减少。
三、两者的包括的内容不同：
1、净额包括的内容：净额结算又可以分为双边净额结算和多边净额结算两种形式。
2、期末余额包括的内容：账户的基本结构具体包括账户名称（会计科目）、记录经济业务的日期、所依据记账凭证编号、经济业务摘要、增减金额、余额等。
