主要区别是，性质不同、行政级别不同、关系不同，具体如下：一、性质不同1、市辖区市辖区，是中国行政区划之一，市辖区的城区为城市市区的组成部分。
2、设区的市设区的市即设立市辖区的市。
二、行政级别不同1、市辖区行政区划级别与县级市、县、自治县、旗、自治旗、林区、特区相同，属县级行政区，由直辖市、地级市管辖。
2、设区的市设区的市是指地级市，行政地位与地区、自治州、盟相同，属于地级行政区，是建制与地区相同的市，由省、自治区管辖。
三、关系不同1、市辖区是设区的市下辖的区。
2、设区的市管辖市辖区。设立标准中华人民共和国民政部出台了《市辖区设置标准》(征求意见稿)，根据征求意见稿，允许直辖市和地级市设立市辖区，其中市区总人口在300万人以上的城市，平均每60万人可设立1个市辖区。最小的市辖区人口不得少于25万人，其中非农业人口不得少于10万人。对于中心城市郊县(县级市)改设市辖区，须该县(市)就业人口中从事非农业人口不得低于70%；第二、三产业产值在国内生产总值中的比重达到75%以上。改设市辖区的县(市)，全县(市)国内生产总值、财政收入不得低于上一年本市市辖区对应指标的平均水平。
