南北龙舟的区别主要存在于外形和历史上的起源。
南龙舟是广东、广西、福建等地区的传统龙舟，具有较长、细、尖的形状，龙尾向上翘起，船身外形比较修长。南龙舟演变过程中受海洋文化的影响较大，通常用白鲸、虎鲸、剑鲸、海豚等动物形象为装饰，船身上的图案也常常是海洋生物或者波涛等海洋元素。而北龙舟则主要流行于江南、北方地区，具有较短、粗、扁的形状，龙尾向下靠近水面，船身外形比较宽厚。北龙舟在历史上常被用于漕运或者军队作战等活动，发展出了比南龙舟更为粗壮、耐用的特点。北龙舟的装饰图案也比较丰富多彩，除了传统的龙形图案之外，还可以看到各种不同的图案，例如花鸟、人物、山水等。
此外，在龙舟竞赛方面，南北龙舟还存在一些不同。南龙舟在竞赛中偏重的是速度和灵活性，舵手需要根据龙舟的水流状况及时调整划桨速度和方向；而北龙舟则重视对于水流的逆向操作，船员会根据水流情况调整船头或船尾的升降高度，以保持龙舟的平衡性。
