1、颜色不同：绝大多数红肉菠萝蜜的果肉都是橙红色的，有些红肉菠萝蜜的果肉是大红色的，但那只是极少数，非常少见，有些颜色不明显；黄肉菠萝蜜的果肉呈金黄色，二者比较一下还是可以看出区别的。
2、果型不同：红肉菠萝蜜的果型呈椭圆形，圆润饱满，中等大小；黄肉菠萝蜜的果型则比较长，个头也比较大。
3、出果率不同：红肉菠萝蜜由于果实比较圆润饱满，果丝较少，出果率比较高，一般13斤的果子出果率高达5-6斤；黄肉菠萝蜜的果丝较多；20斤的果子出果率在4-5斤左右。
4、甜度不同：红肉菠萝蜜果肉呈橙红色，肉厚甜脆，香味比较浓郁，甜度高达25度左右；黄肉菠萝蜜果肉呈金黄色，甜度比红肉菠萝蜜清淡，果肉甜度只有17度左右。
