1、墨水的颗粒大小不同染料墨水中的染料着色剂是以单分子方式完全溶解在墨水中，其着色剂颗粒小，易溶解于水或其他化学溶剂。
染料墨水的染料着色剂存在有大量的亲水粒子，易溶解。染料墨水是分子级全溶解的墨水，一般直径是1~2纳米。颜料墨水是由粒子组成的分散体，它的最小粒径要比染料墨水的分子直径大得多，为纳米至微米不等。用于制造颜料墨水的颜料粒径分为纳米级和微米级，其中纳米级粒径平均（LD50)在40-125纳米，最大粒径（LD90)不得超过180纳米，微米级粒径在0.125-0.300微米。
2、水溶性不同染料墨水一般是水溶性墨水；颜料墨水是不溶于水的，所以需要超细分散后才能适用。
3、防水性能不同染料墨水的染料着色剂存在有大量的亲水粒子，易溶解。这样一旦打印稿遇水，原先在介质上固定好的着色剂将再次溶解，并随着水的流动向四周扩散，造成严重的晕染现象。颜料墨水由于颜料不溶于水，在打印纸张遇到水分时耐水性较强。
4、化学性能不同染料墨水的着色剂直接暴露在空气中，在光线和臭氧等的作用下，染料着色剂的化学链可能断裂，造成着色剂变色等现象，使打印稿褪色，从而影响其保存性能。颜料墨水的化学稳定性和光学稳定性好，耐水性和耐光性好，安全性高，打印颜色锐度和密度高。较大的颜料聚集体受到紫外线和臭氧作用时，仅仅表面层被破坏，内层的着色剂仍保持其颜色特性，因此有较高的耐光耐气候牢度。
5、使用时喷头堵塞情况不同颜料墨水颗粒大，很容易造成堵头，打印的图象色泽不好，不鲜艳。染料墨水不易发生堵塞喷头的现象，即便是堵塞，疏通喷头也较为简单。
6、使用效果不同颜料墨水喷绘后易于被材料吸收，并且打印在平整光滑的纸张上，对光的放射表现很好，因此色彩还原的能力比较强，打印出来的图象色彩艳丽。但由于染料墨水不像颜料墨水一样表面有一层聚合物的保护，因此在在恶劣的条件下，分子容易分解，造成褪色。
7、显色原理不同染料墨水渗入到介质分子隙间沉淀后再形成色彩；颜料墨水是通过着色剂(颜料)以物理形式（使用高分子聚合物为粘合剂）附着在介质表面（如复印纸或打印材料等）后显色的。
