上世纪九十年代，阜阳行政区划发生重大变革。
1998年2月，县级亳州市从阜阳市划出，由省直辖。追溯起来，自新中国成立后，亳州为阜阳地区下辖一个县，称亳县。 1986年改县为市，为县级亳州市。1996年1月，阜阳地区和县级阜阳市撤销，设立地级阜阳市，县级亳州市归阜阳管辖。
2000年5月21日，《国务院关于同意安徽省调整阜阳市行政区划设立地级亳州市的批复》（国函〔2000〕47号）下发，对安徽省人民政府提交的《关于调整阜阳市行政区划组建地级亳州市的请示》(皖政秘〔2000〕89号)及有关补充报告进行了批复。这标志着，曾隶属阜阳地区管辖半个世纪的亳州，正式从阜阳划出。 此前，阜阳市辖8县市和3区，有1200万人口、1万多平方公里，地广人多。
