两个专业都属于控制科学与工程领域，但是它们的重点略有不同。
自动化控制工程更注重理论研究和系统设计，包括传感器、执行器、控制算法等方面的研究；而测控技术与仪器则更注重实验室测试和仪器设备的开发，包括信号采集、数据处理、仪器校准等方面的研究。因此，如果你对理论研究和系统设计比较感兴趣，那么考研自动化控制工程可能更适合你；如果你对实验室测试和仪器设备开发比较感兴趣，那么考研测控技术与仪器可能更适合你。当然，在选择专业时还需考虑自己的职业规划和未来发展方向。建议可以多了解一些相关领域的就业情况和发展前景，再做出选择。
