1、两者在含义上不同全额拨款事业单位也称为全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位，是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。
差额拨款事业单位，按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算；单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等。2、两者在稳定性上不同对于全额事业单位而言，是相对稳定，是基于跟着国家进行调控，存在着一定的稳定性；而差额事业单位存在的变动可能性非常大，存在很大不确定的因素，因此也影响着工作的稳定性。
3、两者包括的范围不同差额事业单位包括医院等有收入的又承担政府社会职能的单位；自收自支管理的事业单位，主要是一些原来国有企业的行业主管局;全额拨款的事业单位主要有图书馆、文化馆、各级公办学校、党校、档案局、文化中心、农业局下属的森防管理事业单位、动物疫病控制中心、城建局下城市维护管理的如园林处等内容。
