分子和原子都是化学中的基本概念，它们的区别和本质可以从以下几个方面来理解：
1. 结构不同：分子是由原子组成的，分子内的原子按照一定的键合顺序和空间排列关系结合在一起。
这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构。而原子是构成分子的基本单位，它的结构由其原子核和绕原子核运动的电子组成。
2.物理性质不同：分子的物理性质，如颜色、气味、熔点、沸点等，是由其结构决定的。原子的物理性质，如原子量、半径、电子亲和势、电离能等，是由其原子核和电子结构决定的。
3.化学性质不同：分子的化学性质，如反应性、稳定性等，是由其结构和组成原子决定的。原子的化学性质，如反应性、化合价等，是由其原子核和电子结构决定的。总结起来，分子和原子都是化学中的基本概念，它们在结构、物理性质和化学性质上都有区别。但是，它们都构成物质的基本单位，是化学反应和物质性质研究的基础。
